学院拥有“农业工程”、“机械工程”和“管理科学与工程”3个一级学科，“农业机械化工程”、“农业生物环境与能源工程”、“农业系统工程与管理工程”、“机械设计及理论”、“车辆工程”和“管理科学与工程”6个二级学科。

农业工程学科始创于1948年，是国家首批硕士、博士授权点学科，农业机械化工程学科早在1989年就被评为国家重点学科。2000年获批的农业工程博士后流动站，连续多次获评国家优秀。农业工程学科拥有“农业机械化工程”、“农业生物环境与能源工程”、“农业系统工程与管理工程”、“农业水土工程”和“农业电气化与自动化”5个二级学科。为顺应科技发展大势，新增农业人工智能二级学科。七十多年来，在余友泰、吴克騆、程万里、史伯鸿、蒋亦元、王成芝、戴有忠等老一辈学术带头人的带领下，培养了一批政治素质可靠、三农情怀饱满、知识结构合理、业务能力过硬的高层次学术人才，产出一批具有北方寒地大农业特色和重大影响的农业工程原创性科技成果，为地方和全国农业工程事业的发展做出了巨大贡献。

机械工程学科2011年获批，为校级重点学科，涵盖机械设计及理论和车辆工程2个学科方向，机械设计及理论学科方向是1981年国务院学位委员会首批的硕士学位授权点，学科科学研究属于机械工程与农业工程、材料加工工程、力学、数值模拟和仿真以及优化理论与方法应用的交叉学科和技术研究领域，研究生培养方面注重知识、能力、创新意识与实事求是工作作风的培养，逐渐形成了治学严谨、理论联系实际的优良传统。学科“机、电、信息及农业工程”交叉融合、服务三农，为我国经济建设及农机装备制造业提供智力和科技支撑。

管理科学与工程学科为校级重点学科和黑龙江省重点学科的依托学科，2003年被评为一级硕士点学科，黑龙江省哲学社会科学研究基地——农业发展战略规划与管理研究中心挂靠该学科。学科具有区域性与系统性，模型化与定量化，多学科交叉，各种方法与技术综合集成，理论联系实际，定性定量相结合、管理与农业工程相融合的特点，研究成果可指导生产实践，供各级管理部门决策参考。

学院拥有1个一级学科博士点为农业工程；3个二级学科博士点，分别为农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业系统工程与管理工程；1个农业工程博士后流动站；2个一级学科硕士点，分别为机械工程、管理科学与工程；3个专业学位授权点，分别为机械、能源动力、工业工程与管理。